Na początku 1903 r. został wybrany prowincjałem warszawskim Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów, a 6 sierpnia tegoż roku (gdy ruch mariawicki prowadził starania w Rzymie o legalizację swojego statutu jako organizacji katolickiej) został wybrany przez przebywających w Watykanie kapłanów mariawickich na ministra generalnego Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów i stanął na czele kongregacji Związku Mariawitów Nieustającej Adoracji Ubłagania jako jej zwierzchnik. W latach 1904–1906 prowadził starania w Stolicy Apostolskiej oraz w kuriach biskupich na terenie Królestwa Polskiego o uznanie nauki mariawickiej zawartej w prywatnych objawieniach Feliksy Kozłowskiej i legalizację Związku Mariawitów. W 1904 r. Kongregacja Świętego Oficjum zabroniła mu dalszej działalności i nakazała rozwiązanie stowarzyszenia, któremu przewodniczyłBorys Przedpełski, Mirosław Michalski: Życie i dokonania arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego (1871–1942), Rocznik Teologiczny LXVI, z. 3/2024, DOI: 10.36124/rt.2024/17, Chrześcijańska Akademia Teologiczna w Warszawie, Warszawa 2024, s. 445–450..