27 stycznia 1906 r. został suspendowany przez arcybiskupa warszawskiego, Wincentego PopielaBorys Przedpełski, Mirosław Michalski: Życie i dokonania arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego (1871–1942), Rocznik Teologiczny LXVI, z. 3/2024, DOI: 10.36124/rt.2024/17, Chrześcijańska Akademia Teologiczna w Warszawie, Warszawa 2024, s. 442.. Ksiądz Kowalski, nie godząc się z postanowieniami władz kościelnych, wspólnie z innymi kapłanami mariawickimi wypowiedział 6 lutego 1906 r. posłuszeństwo swojemu biskupowi. Następnie dekretem Świętego Oficjum z 5 grudnia tegoż roku, wraz z założycielką mariawityzmu Feliksą Marią Franciszką Kozłowską został ekskomunikowany imiennie przez papieża Piusa X na podstawie encykliki Tribus circiter z 5 kwietnia 1906 r., za szerzenie poglądów niezgodnych z nauką Kościoła katolickiego oraz z powodu nieposłuszeństwa eklezjalnego wobec decyzji Świętego Oficjum z 4 września 1904 r. o rozwiązaniu Związku MariawitówBorys Przedpełski, Mirosław Michalski: Życie i dokonania arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego (1871–1942), Rocznik Teologiczny LXVI, z. 3/2024, DOI: 10.36124/rt.2024/17, Chrześcijańska Akademia Teologiczna w Warszawie, Warszawa 2024, s. 450–451..