Historia Pierwszym rektorem był Jan ze Stobnicy, ceniony podówczas teolog i geograf, ale szybko zastąpił go pochodzący z Poznania teolog-humanista Tomasz Bederman, autor Antiquissimi graeci poetae z 1505 i Cicero de eloquentia z 1513. Wykładowcami natomiast byli Jan Kruk z Gniezna (również teolog) oraz prawnicy Mateusz i Grzegorz z Szamotuł oraz Jakub Skrzetuski. Akademia posiadała dwa wydziały: teologiczny i humanistyczny, nie miała jednak prawa nadawania tytułów naukowych, dla których uzyskania studenci udawali się na Uniwersytet Jagielloński lub któryś z uniwersytetów europejskich. Nauki humanistyczne wykładali poza Bedermanem również Antoni Feliks Gall i Antoni Niger. Prawdziwy rozkwit uczelni rozpoczął się z przybyciem nowego dziekana wydziału humanistycznego, pochodzącego z Lipska Krzysztofa Hegendorfera, który stworzył statut szkoły, wprowadził nowe rewolucyjne metody nauczania – prowadzono dyskusje, pisano rozprawy, dyktanda, mowy i wiersze.