W 1535 opuścił on Poznań za sprawą archidiakona poznańskiego Grzegorza Snopka z Szamotuł – scholastyka związanego z Akademią Krakowską, który oskarżył go (słusznie zresztą, gdyż Hegendorfer sprzyjał reformacji) o herezję, czyli szerzenie tez niezgodnych z nauczaniem Kościoła katolickiego.
Za czasów Hegendorfera niższy wydział – humanistyczny dzielił się na szkoły – odpowiedniki klas (licząc od najniższej): szkoła gramatyczna – nauka podstaw gramatyki, stylistyki, etymologii łacińskiej i greckiej (była to jedyna szkoła, w której nauczanie greki wpisane było do oficjalnego programu nauczania; język ten uznawany był za wstęp do czytania pism heretyckich) szkoła retoryczna – retoryka, historia powszechna i geografia szkoła matematyczna – arytmetyka, astronomia, astrologia, objaśnianie kalendarza, muzyka i śpiew szkoła filozofii szkoła logiki szkoła jurystyczna – prawo rzymskie i kościelne Następnie kandydaci do stanu duchownego przechodzili na wydział wyższy – teologiczny.
Po odejściu Hegendorfera poziom szkoły obniżył się pod wpływem scholastyków z Uniwersytetu Jagiellońskiego, którzy metody renesansowe zastąpili średniowiecznymi, stosowanymi wówczas w Krakowie.