Drugi rozkwit Akademia przeżyła w latach 1562–1570 za sprawą wykładowców związanych z kontrreformacją sprowadzonych przez biskupa Andrzeja Czarnkowskiego – Benedykta Herbesta z Krakowa i jego braci. Szkole pomogły też nowe legaty, podkomorzy poznański Jan Konarski przeznaczył na placówkę 2000, a szlachcic z Niepartu Jan Rożnowski 3667 zł. W latach 70. XVI wieku szkoła znów podupadła, głównie za sprawą silnej konkurencji nowego Kolegium Jezuickiego, które cieszyło się większą przychylnością biskupa Łukasza Kościeleckiego.
Od schyłku XVI wieku widać wyraźne starania kapituły poznańskiej o wznowienie prężnej działalności Lubranscianum. Prawdopodobnie dzięki nim były sufragan włocławski Jan Rozdrażewski zapisał dla Akademii w 1604 r. znaczne dochody na remont budynku i utrzymanie profesorów oraz uczniów. Finansowe zabezpieczenie (chociaż windykowane dopiero w 1619 r.) i zainteresowanie Akademią uczelni krakowskiej przyczyniło się do wznowienia działalności szkoły na przełomie 1613/1614 r.