W 1941 Józef został wysłany na front wschodni, a fotel dyrektora biblioteki zajął Paul Sattler. Raczyński został ciężko ranny podczas służby; w 1943 roku powrócił do Biblioteki Raczyńskich, ale już nie na stanowisko dyrektora. Zdołał wywieźć najcenniejsze zbiory do Obrzycka (około 17 tysięcy sztuk), dzięki czemu nie zostały one zniszczone wraz z całym budynkiem po jego wysadzeniu 5 lutego 1945 przez Niemców podczas walk o Poznań. Spłonęło wtedy około 180 (lub 200) tysięcy woluminów, co stanowiło 90% zbiorów biblioteki. thumb|Biblioteka po wysadzeniu przez Niemców w 1945 r.
Biblioteka wznowiła działalność w 1951 roku w dawnym budynku szkoły przy ulicy Czerwonej Armii (obecnie św. Marcin 65), który był używany aż do 2013 roku, kiedy otwarto nowy gmach biblioteki.
Odbudowa zniszczonej w 1945 Biblioteki rozpoczęła się w 1953. Autorką projektu budowlanego była Janina Czarnecka, a nadzór autorski i wyposażenie wnętrz przydzielono jej mężowi – Władysławowi Czarneckiemu (współpracował Zygmunt Skupniewicz).