W tym sezonie strzelił też swojego pierwszego gola w Primera División, a jego zespół ukończył rozgrywki na 7. miejscu.
Od sezonu 1994/1995 grał już tylko dla pierwszego zespołu. Wystąpił w 13 meczach, strzelając jednego gola, a Valencia CF zakończyła sezon na 10. pozycji. Jednak w Pucharze Króla jego drużyna dotarła do finału. W decydującym pojedynku, 27 czerwca 1995 roku, rozegrał pełne 90 minut spotkania przeciw Deportivo La Coruña, jednak Valencia CF przegrała ten mecz 1–2, a sam Mendieta został ukarany w 90. minucie drugą żółtą i w efekcie czerwoną kartką. W następnym sezonie rozegrał w lidze 34 mecze, a jego drużyna zdobyła wicemistrzostwo Hiszpanii. Do prowadzącego w tabeli Atlético Madryt zabrakło 4 punktów. W Pucharze Króla zespół dotarł do półfinału, gdzie również musiał uznać wyższość drużyny z Madrytu. W sezonie 1996/1997 w Primera División zagrał 30 spotkań, w których strzelił jednego gola. Valencia CF uplasowała się wówczas na 10. pozycji. W Pucharze Króla klub odpadł już jednak w 1/8 finału po porażce w dwumeczu z UD Las Palmas. W Pucharze UEFA Valencia CF dotarła do ćwierćfinału, gdzie przegrała w dwumeczu 0–2 i 1–1 z późniejszym tryumfatorem, klubem FC Schalke 04. W następnym sezonie Gaizka Mendieta zagrał w 30 meczach i strzelił 10 bramek. Jego zespół ukończył rozgrywki na 9. miejscu.