W Pucharze Króla drużyna ponownie odpadła w 1/8 finału po przegranej z FC Barcelona. W sezonie 1998/1999 rozegrał 38 spotkań i strzelił 7 goli. Valencia CF zakończyła rozgrywki na 4. miejscu, które dawało możliwość gry w eliminacjach do Ligi Mistrzów. Jego zespół zwyciężył natomiast w Pucharze Króla. 26 czerwca 1999 roku jego drużyna pokonała w finale 3–0 Atlético Madryt, a Gaizka Mendieta rozegrał cały mecz oraz strzelił bramkę na 2–0 w 33. minucie spotkania. W Pucharze UEFA Valencia CF w 1/16 finału zmierzyła się z Liverpoolem FC. Ekipy dwukrotnie ze sobą zremisowały 0–0 i 2–2, ale dzięki bramkom strzelonym na wyjeździe to drużyna z Anglii awansowała do dalszej fazy rozgrywek. Dzięki temu zwycięstwu mogli stoczyć bój o Superpuchar Hiszpanii, w którym ich przeciwnikiem była FC Barcelona. Pierwszy mecz odbył się 8 sierpnia 1999 roku na stadionie Mestalla. Gaizka Mendieta zagrał cały mecz a Valencia CF wygrała 1–0. Tydzień później rozegrano rewanż na Camp Nou. FC Barcelona trzykrotnie wychodziła na jednobramkowe prowadzenie, jednak za każdym razem piłkarze z Walencji wyrównywali wynik spotkania. Mimo czerwonej kartki dla Davida Albeldy w 83. minucie, udało im się dowieść korzystny rezultat do końca pojedynku.