W 1533 roku jako jeden z pierwszych uczonych otrzymał tytuł doktora na zreformowanym wydziale teologii uniwersytetu w Wittenberdze. W latach 1533–1534 za namową Lutra dokonał przekładu Pisma Świętego na język dolnoniemiecki. Był współuczestnikiem zawiązania unii szmalkaldzkiej.
Działalność misyjna W swojej działalności misyjnej, której podjął się w latach dwudziestych i trzydziestych XVI wieku, Bugenhagen zreformował Kościoły krajowe: Brunszwiku (1528), Hamburga (1528–1529), Lubeki (1530–1532) oraz Hildesheim i Wolfenbüttel (1542). Za wkład w krzewienie protestantyzmu w Niemczech, Marcin Luter nazywał go Doctor Pomeranus.
Bugenhagen odegrał czołową rolę w reformie Kościoła Danii (1536–1539). Po usunięciu przez króla Chrystiana III biskupów katolickich, Jan Bugenhagen przygotował w oparciu o doktrynę luteranizmu nowy porządek organizacji życia religijnego w Danii. W 1536 dokonał ordynacji pierwszych siedmiu protestanckich superintendentów, którzy objęli wakujące diecezje. W 1537 koronował duńską parę królewską w Kopenhadze. Był także współzałożycielem i pierwszym rektorem protestanckiego Uniwersytetu w Kopenhadze.