Przez większą część swego małżeństwa Anna była w ciąży i spędzała czas głównie w zamkach Amboise, Loches i Plessis oraz w miastach Lyon, Grenoble i Moulins.
Ciąże Anny często kończyły się poronieniami. Żywymi urodziło się czworo jej dzieci, z których jednak żadne nie przeżyło wczesnego dzieciństwa. Najdłużej żyło pierwsze dziecko – Karol Orland (1492-1495). Śmierć Karola Orlanda i kolejnych dwóch synów (Karola i Franciszka) była strasznym ciosem dla Anny. Po śmierci Franciszka królowa otwarcie modliła się o kolejnego syna.
Karol VIII zmarł w 1498 r. Anna miała wówczas 21 lat i nie miała dzieci. Zgodnie z układem z 1491 r. powinna poślubić następcę Karola, Ludwika XII, ale ten był już poślubiony Joannie Francuskiej. 19 sierpnia 1498 r. w Étampes Anna zgodziła się wyjść za Ludwika, jeśli ten rozwiąże swoje małżeństwo w ciągu roku. Ludwik dopiął swego i w 1499 r. doprowadził do stwierdzenia nieważności pierwszego małżeństwa.
W międzyczasie, w październiku 1498 r., Anna powróciła do Bretanii. Mianowała Philippe'a de Montauban kanclerzem Bretanii, zwołała bretońskie stany generalne i zarządziła bicie monet ze swoim imieniem. Odbyła również podróż po księstwie odwiedzając wiele miejsc, w których nie była jako dziecko. W odwiedzanych miastach odbierała hołdy lenne od władz miejskich.