Dwa dni później na rozegranym we „włoskiej” Szwajcarii przedostatnim etapie, czasówce z Mendrisio do Lugano, nie tylko nie dał sobie odebrać uzyskanej wcześniej przewagi, ale zajął nawet trzecie miejsce i nadrobił nad Tonkowowem dalsze 5 sekund. Triumf w Mediolanie był podwójny, bowiem niejako przy okazji generalnego zwycięstwa Pantani wygrał także klasyfikację górską tego wyścigu, którą ów wybitny góral zazwyczaj na Giro czy TdF sobie odpuszczał.
Tour de France '98 Pomiędzy metą Giro (7 czerwca) a startem Touru w Dublinie 11 lipca, tylko trenował, odpoczywając od startów. Burzliwą, z uwagi na aferę Festiny, „Wielką Pętlę” 1998 zaczął z niezwykle niskiego pułapu, tzn. z zaledwie 181 miejsca na 189 startujących w prologu. Na pierwszej, długiej 58-kilometrowej czasówce z Meyrignac l'Eglise do Correze zajął dopiero 33. pozycję, ze stratą 4 min. i 21 sek. do Ullricha.
Dopiero w Pirenejach zaczął szybko przesuwać się w górę generalnej tabeli. „Pirat” był drugi, za swym rodakiem Rodolfo Massim, na etapie dziesiątym do Luchon, po czym wygrał etap jedenasty do Plateau de Beille. Zanim peleton dotarł do Alp, na tydzień przed końcem ścigania, był czwarty w klasyfikacji generalnej, ze stratą 3 min. i 1 sek.