Przedsiębiorstwo zajmowało się m.in. produkcją komputerów na potrzeby szkół. Pod koniec lat 90., ze względu na niekorzystne opodatkowanie sprzętu komputerowego produkowanego w kraju, a sprzedawanego szkołom, JTT sprzedawała swoje komputery do firm za granicą, a następnie odkupowała go od tych firm i sprowadzała z powrotem do Polski. Zgodnie z obowiązującym wówczas prawem taka transakcja była opodatkowana stawką 0% podatku VAT, o czym informowało Ministerstwo Edukacji:
Urzędnicy skarbowi uznali to jednak za działanie sprzeczne z prawem. Spółka została zmuszona do zapłaty 10 milionów złotych podatku i kar, a jej zarządowi postawiono zarzut działania na szkodę Skarbu Państwa.
Po trwającym cztery lata procesie w kolejnych instancjach, w roku 2003 Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że zarząd JTT nie naruszył prawa i nakazał zwrócenie spółce całej kwoty nienależnego podatku wraz z odsetkami.