Przez okres do wydania i uprawomocnienia się tego postanowienia spółka JTT nie była w stanie normalnie funkcjonować. Pakiet akcji spółki, wniesiony do funduszu MCI Management SA w 1998 roku, został sprzedany (po decyzji organów skarbowych o obowiązku zapłaty podatku) ze stratą 10 milionów złotych. Pomimo korzystnego orzeczenia Naczelnego Sądu Administracyjnego, w połowie 2004 zarząd JTT ogłosił upadłość – spółka nie odzyskała już kondycji wystarczającej do kontynuowania działalności.
W listopadzie 2006 sąd we Wrocławiu orzekł, że fundusz MCI ma prawo do 38,5 mln zł odszkodowania od Skarbu Państwa za straty, jakie poniósł przy sprzedaży akcji JTT w związku z niezgodną z prawem decyzją organów skarbowych, przychylając się tym samym do żądania MCI. Wyrok nie jest prawomocny, przedstawiciel Skarbu Państwa zamierza wnieść sprzeciw.
W 2006 roku Ministerstwo Finansów opublikowało „Białą księgę JTT Computer i Optimus SA” wyjaśniającą – z pozycji administracji publicznej – sprawy JTT, Optimus oraz Romana Kluski.
W 2011 roku sąd apelacyjny prawomocnym wyrokiem przyznał MCI odszkodowanie w wysokości 28,9 mln zł (46 mln wraz z odsetkami) za „doprowadzenie do upadłości na skutek błędnych i podejmowanych z naruszeniem prawa decyzji organów podatkowych”.