Po raz kolejny Brunon Synak zasiadł w kolegium rektorskim w 1990, obejmując stanowisko prorektora ds. nauczania (później zmieniono nazwę tej funkcji na prorektor ds. kształcenia). Pod kierunkiem rektora Zbigniewa Grzonki przygotował program reformy dotychczasowego sposobu kształcenia na UG, który mimo jego przyjęcia, nie doczekał się jednak pełnej realizacji. Pozostał na stanowisku prorektora w następnej kadencji (jego kandydatura przeszła jednym głosem)B. Synak, Moja kaszubska Stegna, Pelplin 2010, s. 183–184, 186–187.. W trakcie kampanii prezydenckiej w 1995, w związku z pytaniami dziennikarzy o prawdziwość deklaracji Aleksandra Kwaśniewskiego dotyczącej posiadania przez niego wyższego wykształcenia, wydał oświadczenie, że w świetle posiadanych przez uczelnię dokumentów polityk SLD nie ukończył studiów wyższychB. Synak, Moja kaszubska Stegna, Pelplin 2010, s. 190–191..
Brunon Synak był również wykładowcą w Wyższej Szkole Turystyki i Hotelarstwa w Gdańsku.