Po nagłej śmierci Muhammada możni obwołali władcą jego kuzyna Firuza Szaha (1351–1388), który zdołał unormować sytuację w państwie za cenę osłabienia władzy centralnej. Następcy Firuza nie cieszyli się aż takim autorytetem i słabnący sułtanat okazał się łatwym łupem odrodzonego pod wodzą Tamerlana (Timura) imperium mongolskiego. Po podbiciu Chorezmu i Persji Mongołowie najechali wtedy Sułtanat Delhijski i w 1398 r. zajęli jego stolicę Delhi, pustosząc ją i dokonując rzezi tysięcy mieszkańców.

Sajjidowie i Lodi (1414–1526) Po kilku latach chaosu jeden z możnych, zwany Chizr Chanem założył nową dynastię Sajjidów (1414). Jego krewni rządzili do połowy XV wieku, gdy władzę przejęła dynastia Lodi. Sułtani z tej dynastii usiłowali przywrócić dawną potęgę sułtanatu, co jednak było bardzo trudne ze względu na ciągłe walki między zwalczającymi się klanami rządzących krajem Afganów. 21 kwietnia 1526 r. wywodzący się z Fergany władca Kabulu Babur pokonał na równinie Panipat ostatniego sułtana Delhi Ibrahima Szaha Lodi, po czym w Delhi ogłosił się cesarzem i nazwany został Wielkim Mogołem.