W czasie powstania w getcie warszawskim Julian Grobelny organizował pomoc dla walczących. Był także zaangażowany w akcję uwolnienia aresztowanej przez gestapo Ireny Sendlerowej. Tak intensywny tryb życia doprowadził do pogorszenia stanu zdrowia i dalszego rozprzestrzeniania się gruźlicy.
Jak wspomniała Sendlerowa:
Został aresztowany przez Niemców na przełomie lutego i marca 1944 w Mińsku Mazowieckim. Okupanci nie wiedzieli jednak o tym, że uwięzili osobę zaangażowaną w czynną pomoc Żydom. Dzięki temu udało mu się uniknąć śmierci. W więzieniu podziemie dostarczało mu systematycznie pomoc, co pozwoliło Grobelnemu przeżyć. Wkrótce został przeniesiony do szpitala z powodu bardzo złego stanu zdrowia, a następnie wydobyty stamtąd przez żonę i współpracowników. Do wkroczenia Armii Czerwonej ukrywał się w Otwocku.
Starosta miński 6 września 1944 Wojewódzka Rada Narodowa w Warszawie włączyła go w skład Komitetu Niesienia Pomocy Oswobodzonej Warszawie. Pod koniec życia (10 października 1944) został starostą powiatowym w Mińsku Mazowieckim. Po dwóch miesiącach sprawowania przez Grobelnego tej funkcji, 5 grudnia 1944 roku, zmarł z powodu choroby.
Julian Grobelny został pochowany na cmentarzu w Mińsku Mazowieckim.