W 1542 król po raz kolejny zwrócił się przeciwko protestantom. Marot, chociaż jego nazwisko nie zostało wymienione dosłownie wśród zagrożonych represjami, wyjechał z Paryża do Sabaudii i zamieszkał czasowo w Chambéry, a następnie w zamku Longefan i na dworze Franciszka de Bellegarde. Kilkakrotnie, bez odzewu, zwracał się do Franciszka I z prośbą o umożliwienie mu powrotu. Chciał dołączyć do armii francuskiej na terenie Piemontu, jednak zmarł w drodze, w Turynie w 1544. Został pochowany w katedrze w Turynie.

Twórczość We wczesnej fazie swojej twórczości Marot kontynuował tradycję Wielkich Retoryków, uprawiając gatunki o tradycji średniowiecznej (virelai, rondo, ballada), posługując się grą słowną, alegorią i oryginalnymi porównaniami. Tematyka jego dzieł była ściśle związana z pobytem na dworze – adresował swoje wiersze do króla i członków rodziny królewskiej, nawet pisząc wiersze na błahe tematy starał się zachwycać odbiorcę sprawnością w posługiwaniu się językiem i figurami stylistycznymi. Platoniczne uczucie do Anny d'Alençon było dlań inspiracją do napisania cyklu La grand amye, utrzymanego w duchu petrarkizmu.

Swoje wczesne utwory zebrał w tomie Młodość Clementa (L’Adolescence clémentine), obejmującą dzieła powstałe od 1532 do 1538.