W 1527 ponownie trafił do więzienia po tym, jak wyrwał z rąk łuczników królewskich mężczyznę prowadzonego do więzienia. Opuścił je dzięki protekcji Franciszka I, o którą prosił w osobnym wierszu. W tym samym czasie zakochał się - bez wzajemności w Annie d'Alençon, której poświęcił cykl utrzymanych w duchu petrarkizmu utworów zatytułowanych La Grand Amye. Kolejny cykl poświęcił zmarłej w 1531 Ludwice Sabaudzkiej, którą przedstawił niemal jako świętą. W rok później opublikował Epistre au Roy, par Marot estant malade à Paris.
Represje przeciw protestantom Po tzw. „sprawie plakatów” (fr. affaire des placards) i rozpoczęciu oficjalnych działań wymierzonych w protestantów, Marot opuścił dwór królewski. Przebywał kolejno w Bearn i Piemoncie, by w 1536 osiąść w Wenecji. Miał jednak nadzieję na odzyskanie królewskiej protekcji i w cyklu kolejnych wierszy zwracał się do króla i usprawiedliwiał swoje postępowanie, odżegnując się do wszelkich sympatii hugenockich. W czasie pobytu we Włoszech dokonał przekładu biblijnych psalmów na język francuski. Chociaż teolodzy z Sorbony zarzucili jego tłumaczeniu nieścisłości i błędy kanoniczne, jego praca zyskała ogromną popularność zarówno w kręgach katolickich (w tym na dworze królewskim), jak i protestanckich.