Dylan, będąc gwiazdą wieczoru, ku zaskoczeniu publiczności i towarzyszących mu muzyków zdecydował się tylko na trzy utwory: „Maggie's Farm”, „Like a Rolling Stone” i „Phantom Engineer” (wczesna wersja „It Takes a Lot to Laugh”). Zespół grał bardzo głośno. Nie było słychać tego, co Dylan śpiewa. Część publiczności wygwizdała Dylana. Istnieje legenda, wedle której Pete Seeger chciał za kulisami przeciąć kable, ale został powstrzymany. Dylan po trzech piosenkach zszedł ze sceny i dopiero po chwili wrócił jeszcze sam na scenę, by zagrać „It's All Over Now, Baby Blue” i „Mr. Tambourine Man”.
Cztery dni później, 29 lipca, Dylan wrócił do studia. Z nieznanych powodów Wilson został zastąpiony przez Boba Johnstona, a do muzyków dołączył pianista Paul Griffin.
Na pierwszej sesji nagrano „Tombstone Blues”, „It Takes a Lot to Laugh” i „Positively 4th Street”. Następnego dnia powstała ostateczna wersja „From a Buick 6”, ale najwięcej czasu pochłonęła muzykom praca na „Can You Please Crawl Out Your Window?”. Dylan nie był zadowolony i przeniósł nagranie utworu na później. Nagrano też „Desolation Row” z całym zespołem, ale rezultaty również nie satysfakcjonowały Dylana. W przeciągu kolejnych dni powstały „Highway 61 Revisited”, „Just Like Tom Thumb’s Blues”, „Queen Jane Approximately” i „Ballad of a Thin Man”.