7 lipca 1136 roku papież Innocenty II wydał bullę gnieźnieńską, wyznaczającą tereny archidiecezji, do której należały kasztelanie: gnieźnieńska, ostrowska, łeknowska, nakielska, żnińska, kaliska, czestramska (nad Baryczą), rudzka, część milickiej, sieradzka, spycimierska, małogoska, rozpierska, łęczycka, łowicka, wolborska, żarnowska i skarżyńska. Bulla brała także pod uwagę niezidentyfikowane kasztelanie „Trablovici et Radlici”. Pierwsza wzmianka o urzędzie archidiakona gnieźnieńskiego została odnotowana w 1108 roku. XI wiek to także czas powstania szkoły katedralnej o charakterze wyższej uczelni, kształcącej przyszłych duchownych archidiecezji.
W II połowie XI wieku powstał klasztor benedyktyński w Mogilnie. W latach 1179–1265 funkcjonował pierwszy żeński klasztor zakonu norbertanek. W XII wieku powstały klasztory cystersów, kanoników regularnych, bożogrobców i norbertanów. W XIII wieku klasztory założyli dominikanie, franciszkanie konwentualni, augustianie eremici i duchacze. W tym samym czasie powstały również klasztory żeńskie cysterek i klarysek. W XIV wieku klasztory założyli paulini. Na lata 1583–1589 datuje się reorganizację podziału archidiecezji na dekanaty.