W latach 1821–1841 rząd pruski zlikwidował klasztory męskie i żeńskie. W 1845 archidiecezja podzielona była na 17 dekanatów, 211 parafii, 11 filii oraz posiadała seminarium praktyczne dla kleryków obu archidiecezji, dwie kolegiaty (Gniezno, Kruszwica), 214 kapłanów i ok. 250 tysięcy wiernych.
W 1866 roku abp Mieczysław Ledóchowski utworzył Kongregację Księży Dziekanów, wspólną dla obu archidiecezji, której celem było nawiązanie poprzez dziekanów ściślejszego kontaktu z duchowieństwem i wiernymi.
28 października 1925 roku papież Pius XI wydał bullę Vixdum Poloniae Unitas, na mocy której do archidiecezji gnieźnieńskiej przyłączono dekanaty miłosławski i jarociński, a wyłączono do archidiecezji poznańskiej dekanaty ołobocki i krotoszyński. W ten sposób zlikwidowano istniejące dotychczas enklawy eksterytorialne i archidiecezja stała się zwartym terytorium. W 1939 roku w archidiecezji gnieźnieńskiej było 21 dekanatów i 261 parafii.