W czasie II wojny światowej terytorium archidiecezji gnieźnieńskiej znalazło się w dwóch okręgach administracji niemieckiej: Gdańsk-Prusy Zachodnie (40 parafii) oraz reszta w Kraju Warty. We wrześniu 1939 roku kard. August Hlond wyjechał, a rządy w archidiecezji sprawował wikariusz generalny ks. kan. Edward van Blericq. 1 kwietnia 1941 roku Kuria została zlikwidowana, a wikariusza generalnego zmuszono do wyjazdu z Gniezna. W 1941 roku na terenie okręgu Gdańsk-Prusy wikariuszem generalnym został ks. Alojzy Kaluschke.
4 marca 1946 roku decyzją Stolicy Apostolskiej została rozwiązana unia personalna archidiecezji gnieźnieńskiej i poznańskiej. Połączono unią personalną pro hac vice archidiecezją gnieźnieńską z archidiecezją warszawską, zachowując samodzielność i odrębność terytorialną obu archidiecezji. W 1947 roku w archidiecezji było 285 kapłanów.
Władze komunistyczne prowadziły walkę z Kościołem. W latach 1953–1956 kard. Stefan Wyszyński był najpierw aresztowany, a potem więziony w wybranych miejscach odosobnienia. 3 czerwca 1979 roku w Gnieźnie doszło do wizyty papieża Jana Pawła II.