W lipcu 2004 roku Agger został przeniesiony z ekipy juniorskiej do pierwszego zespołu, na co wpłynęło opuszczenie drużyny przez obrońcę reprezentacji Szwecji – Andreasa Jakobssona. Niespełna dwudziestoletni Duńczyk szybko okazał się nie tylko pełnoprawnym zawodnikiem pierwszego składu, ale też kluczowym członkiem drużyny, która w sezonie 2004/2005 wygrała duńską SuperLigę. Pomimo relatywnie młodego wieku, wykazywał się wielkim rozsądkiem i klasą, grając pod okiem kapitana Brøndby – Pera Nielsena. Po pierwszej rundzie sezonu Spillerforeningen (duńskie stowarzyszenie zawodników) uznało Aggera za talent roku 2004.
Po sezonie 2004/2005, Agger otrzymał powołanie do duńskiej kadry.
Kontuzja odniesiona przez młodego Duńczyka w sierpniowym meczu ligowym przedwcześnie zakończyła rok dla tego zawodnika. Kilka dni przed swoimi 21. urodzinami Daniel Agger otrzymał tytuł sportowego talentu roku 2005 w Danii.