Liverpool Sezon 2006/2007 Agger przez długi czas łączony był z transferem do dużego klubu. Wszystkie przesłanki wskazywały na to, że klubem tym będzie angielski Liverpool, ówczesny obrońca Pucharu Europy. Duńczyk nie pojechał na styczniowy obóz treningowy z Brøndby, a 12 stycznia 2006 roku podpisał czteroipółletni kontrakt z klubem z miasta Beatlesów. Transfer opiewający na kwotę 6 milionów funtów sprawił, że Agger stał się zarówno najdroższym zawodnikiem sprzedanym przez duński klub za granicę, jak i najdroższym obrońcę, jakiego kupił Liverpool. Ten ostatni rekord został później pobity przez Glena Johnsona, za którego podpis Portsmouth otrzymało 17 milionów funtów.
W swojej pierwszej połówce sezonu spędzonego w Liverpoolu Agger, ze względu na kontuzję, zagrał jedynie w 4 spotkaniach. Pomimo przerwy w grze, w maju otrzymał powołanie do kadry do lat 21.
Duński obrońca rozegrał pełne spotkanie o Tarczę Wspólnoty 2006, w którym Liverpool pokonał Chelsea 2:1. Wciąż przystosowując się do angielskiego stylu gry, zdołał wywalczyć sobie miejsce w składzie rywalizując z klubowym wicekapitanem Jamie Carragherem i byłym kapitanem klubu, Finem Sami Hyypią. Pierwszą bramkę dla Liverpoolu Agger zdobył 26 sierpnia 2006 roku w wygranym 2:1 spotkaniu z West Hamem.