Dodatkowo Agger zdołał wraz z całą formacją defensywną nie dopuścić do strzelenia gola przez Chelsea, co w rezultacie dało liverpoolczykom awans do finału Ligi Mistrzów. W ostatecznym starciu lepsza okazała się jednak drużyna A.C. Milan, która zwyciężyła 2:1.
Sezon 2007/2008 Letnie przygotowania do sezonu 2007/2008 Agger rozpoczął w nadspodziewanej formie strzeleckiej – zdobył dwa gole w czterech sparingach, włączając w to strzał z lewej nogi w meczu przeciw hongkońskiej drużynie South China AA. Na swoje nieszczęście, Duńczyk we wrześniu odniósł uraz śródstopia, w wyniku czego stracił miejsce w składzie na rzecz Hyypii. W styczniu 2008 roku Agger wznowił treningi mające na celu odzyskanie pełnej sprawności, jednak nawrót kontuzji drugiego śródstopia ponownie wykluczył go z gry. Po przebadaniu piłkarza przez kilku specjalistów klub na swojej oficjalnej stronie ogłosił, że duński obrońca opuści pozostałą część sezonu.