Londyńscy zawodnicy pozwolili wówczas Duńczykowi na wbiegnięcie z piłką przed pole karne, skąd ponadtrzydziestometrowy strzał trafił do siatki. Trener Liverpoolu Rafael Benítez powiedział po meczu, że nie jest zaskoczony tym trafieniem, gdyż Agger często strzelał z tej pozycji na treningach. Trafienie Duńczyka zostało Bramką Sierpnia według programu Match of the Day, transmitowanego na antenie BBC, a później wybrano je na Bramkę Sezonu w wykonaniu gracza Liverpoolu. 4 października 2006 roku Agger otrzymał nagrodę kibiców przyznawaną przez PFA (stowarzyszenie zawodników) za imponujące i solidne występy we wrześniu.
Kolejną bramkę zawodnik Liverpoolu strzelił w meczu Pucharu Ligi Angielskiej przeciw Birmingham City, uderzając piłkę z woleja z małej odległości w siódmej minucie doliczonego czasu pierwszej odsłony meczu. Kolejne trafienie dołożył w rozgrywanym 31 marca 2007 roku pojedynku z Arsenalem, strzelając głową gola na 4:1. W pierwszym meczu półfinałowym Ligi Mistrzów Agger zebrał niezbyt przychylne recenzje swojej gry po tym, jak napastnik Chelsea, Didier Drogba, minął Duńczyka, a następnie asystował przy golu kolegi. W rewanżu zawodnik Liverpoolu uciszył swoich krytyków kolejnym golem z granicy pola karnego po sprytnie rozegranym przez Stevena Gerrarda rzucie wolnym.