Wyruszyli w listopadzie 1536. Kiedy, tak jak się umówili, w styczniu 1537 spotkali się w Wenecji, z powodu wojny z Turcją podróż na wschód była niemożliwa. Loyola i Piotr Faber udali się do Rzymu po papieską akceptację. Po otrzymaniu jej założyli Towarzystwo Jezusowe (jezuici).
Apostoł Niemiec thumb|Pierre Favre Papież wysłał Piotra do Parmy i Piacenzy, żeby odnowił tam życie religijne. Odwołany z powrotem do Rzymu w 1540 został wysłany do Niemiec na sejm Rzeszy w Wormacji, który nie przyniósł żadnego rozstrzygnięcia. Rok później uczestniczył na sejmie w Ratyzbonie. Tam, 9 lipca 1541 roku złożył profesję wieczystą Ogromne wrażenie wywołał w nim rozmiar sukcesów Reformacji w Niemczech oraz stan dekadencji niemieckiego duchowieństwa. Uznał, że najlepszą metodą jest nie dyskusja z protestantami, ale reforma kościoła katolickiego, szczególnie kleru. Przez dziesięć miesięcy w Spirze, Ratyzbonie i Moguncji odbywał rozmowy ze stronnikami katolicyzmu: książętami i duchownymi. Był bezpośredni i szybko zdobywał przyjaciół. Znany był nie ze swoich kazań a z umiejętności prowadzenia dyskusji i udzielania porad duchowych. Przemierzył pieszo wiele krajów Europy i był duchowym przewodnikiem biskupów, księży, ludzi ze wszystkich stanów, prowadził i popularyzował ignacjańskie ćwiczenia duchowne.