Towarzystwo Jezusowe Od 1525 studiował w Paryżu, gdzie spotkał ludzi ze wszystkich części Europy. Został przyjęty do Collège Sainte-Barbe, najstarszej szkoły Sorbony, w której studiował i dzielił nocleg ze studentem z Nawarry Franciszkiem Ksawerym. Wówczas zaczęły się formować jego poglądy religijne, na które wpływ miały religijność ludowa, chrześcijański humanizm i scholastycyzm średniowieczny. Zaprzyjaźnił się z Franciszkiem, wraz z którym otrzymał magisterium tego samego dnia w 1530 roku. Za jego pośrednictwem poznał Ignacego Loyolę, od którego otrzymywał wyjaśnienia w kwestiach religii. Ignacemu wyjaśniał filozofię Arystotelesa. 30 maja 1534 został wyświęcony na księdza i po raz pierwszy pod przewodnictwem Loyoli odbył medytacje ignacjańskie.
15 sierpnia 1534 w kościele św. Piotra na Montmartre, pod przywództwem Ignacego Loyoli wraz z pięcioma innymi absolwentami Sorbony (z których tylko Piotr Faber miał święcenia kapłańskie), złożył śluby ubóstwa, czystości i posłuszeństwa. Złożyli również obietnicę podróży do Ziemi Świętej i nawracania muzułmanów, a jeśli to będzie niemożliwe oddania się w służbę papieżowi. Loyola powrócił do Hiszpanii, żeby dokończyć rekonwalescencję, a cieszącego się spośród pozostałych największym poważaniem Piotra poinstruował, żeby pokierował podróżą reszty z nich do Włoch.