Ekologia Geofit ryzomowy o szerokiej amplitudzie ekologicznej. Występuje na mokrych łąkach, na brzegach rzek i rowów, na źródliskach, nierzadko także na siedliskach antropogenicznych, np. na nasypach kolejowych. Rośnie na różnych typach gleb, najczęściej na torfach niskich i murszach. Jest wymagający pod względem zasobności gleby w składniki pokarmowe, unika gleb zasolonych chlorkiem sodu. Rośnie w bardzo różnych zbiorowiskach na siedliskach wilgotnych, zarówno łąkowych, jak i szuwarowych (często w turzycowiskach). Jest gatunkiem wskaźnikowym dla gleb ze słabo ruchliwą wodą gruntową. Jako jeden z dwóch gatunków środkowoeuropejskich skrzypów może rosnąć również bezpośrednio w wodzie. W klasyfikacji zbiorowisk roślinnych gatunek charakterystyczny dla O. Molinietalia.
Systematyka, zmienność i mieszańce Gatunek reprezentuje podrodzaj Equisetum w obrębie rodzaju skrzyp Equisetum. Według jednych analiz molekularnych jest siostrzanym dla kladu obejmującego skrzyp polny E. arvense i parę gatunków – skrzyp bagienny E. fluviatile i E. diffusum, wyodrębnionym w czasie istotnego różnicowania większości gatunków tego podrodzaju w kredzie późnej. Inne analizy sytuują go w bazalnym dla podrodzaju kladzie obejmującym parę E. palustre i skrzyp łąkowy E. palustre (aczkolwiek ze słabym wsparciem).