Gatunek jest wybitnie polimorficzny. Dawniej wyróżniano liczne formy, różnicując je głównie w zależności od długości i kształtu pędów bocznych. Później te ujęcia były kwestionowane (m.in. znaleziono trzy różne formy wyrastające ze wspólnego kłącza). Do odmian opisywanych w nowszej literaturze należy var. polystachyum A.Br. ex Engelm. (boczne odgałęzienia zakończone kłosami zarodnionośnymi), var. americanum Victorin (ząbki na końcach liści dłuższe od typu, do 5 mm – odmiana geograficzna występująca w Ameryce Północnej).
Tworzy mieszańce ze skrzypem polnym (E. × rothmaleri C. Page; Watsonia 9: 229 (1973), syn. E. × torgesianum Rothm. – znany z różnych miejsc z Europy), skrzypem bagiennym (E. × dycei C.N.Page; Fern Gaz. 12(3): 178 (1981) – stwierdzony w Anglii) i ze skrzypem olbrzymim (skrzyp mokradłowy E. × font-queri Rothm. (1944) – znany z Europy Zachodniej i Środkowej, w tym rosnący też w Polsce). Mieszańce skrzypów posiadają zwykle zarodniki zanikowe, bez sprężyc, ale ostatni z wymienionych mieszańców wyróżnia się tworzeniem zarodników zdolnych do kiełkowania, jest przy tym mieszańcem najsilniej rosnącym, czasem zajmującym rozległe obszary.