Kubilaj zainteresowany medycznymi zdolnościami tybetańskich mnichów, zaprosił na dwór buddyjskiego mnicha imieniem Drogön Chögyal Phagpa. Był on siostrzeńcem starego lamy sprowadzonego na rozkaz kuzyna Kubilaja, zmarłego już wówczas Kotena. Młody Phagpa, późniejszy twórca pisma nazwanego na jego cześć, pokazał Kubilajowi znaczenie buddyzmu jako ideologii państwowej, zaszczepiając mu ideał buddyjskiego władcy uniwersalnego, obracającego koło Prawa. 18-letni buddysta wtajemniczył Kubilaja w kult lamaistycznego bóstwa Hewadżry, zaś w 1261 r. został cesarskim nauczycielem i zwierzchnikiem duchowieństwa buddyjskiego na terenie posiadłości Kubilaja.
Zazdrośni o sukcesy Kubilaja urzędnicy skłonili chana Möngkego do skontrolowania poczynań brata, który miał myśleć o własnym imperium. Inspektorzy podatkowi, Liu Taiping i Alamdar, wykryli nieprawidłowości, wymienili 142 naruszenia przepisów i nakazali stracenie niektórych urzędników. Kubilaj wysłał misję dyplomatyczną do brata, po czym bracia pojednali się.