W Shaanxi i Syczuanie armia mongolska poparła brata Kubilaja. Kubilaj wysłał na te tereny Lian Xixiana, który doprowadził do egzekucji Liu Taipinga, urzędnika z ramienia Ariq Böke i przeciągnął na swą stronę pewnych generałów By bronić frontu południowego, wysłał do Songów dyplomatów, lecz Jia Sidao złamał przysięgę i aresztował emisariuszy chana. Kubilaj wysłał też Abishqę, by ten objął tron Ułusu Czagatajskiego, lecz Abishqa został aresztowany przez Ariqa Böke, który miał po swej stronie Ałgu, koronowanego chana czagatajskiego. W pierwszych starciach z armią Kubilaja zginął dowódca Ariqa Böke, Alamdar, w efekcie czego w zemście starszy brat Kubilaja kazał zabić Abishqę.
Kubilaj odciął dostawy żywności do Karakorum dzięki pomocy kuzyna Kadena, Rządzący Yizhou Li Tan zbuntował się przeciwko rządom mongolskim w 1262 r. Służący Kubilajowi kanclerze Shi Tianze i Shi Shu zostali zobowiązani do ataku na buntownika. W efekcie bunt upadł, zaś Li Tan próbował, przeczuwając klęskę, utopić się w jeziorze Ta-ming. Uratowono go jednak dzięki interwencji Mongołów, a następnie stracono przez zadeptanie przez konie, zgodnie z tradycją mongolską, by nie przelać krwi wroga Armia dokonała także egzekucji Wanga Wentonga, teścia Li Tana, początkowo zaufanego współpracownika Kubilaja i szefa Cesarskiego Sekretariatu(中書省 – Zhongshu Sheng).