Prócz tego nie prześladował jednak dalej taoistów, która to łagodność miała korzenie zapewne w radach matki co do tolerancji religijnej.
Wielki chan wezwał w 1258 r, brata na pomoc do kampanii w Syczuanie. Kubilaj objął dowództwo nad armią wschodnią. Chory na dnę mógł pozostać w domu, lecz postanowił pomóc swemu bratu i zwierzchnikowi. Nim przybył na miejsce, dowiedział się, że Möngke nie żyje, lecz postanowił to ukrywać przed armią i kontynuował atak na Wuhan w pobliżu Jangcy. Minister Songów, Jia Sidao, zaoferował poddanie się i złożenia trybutu z 200 000 taeli srebra i 200 000 jedwabnych beli. Kubilaj odmówił, lecz potem doszedł z nim do porozumienia.
Wojna domowa i objęcie tronu Kubilaj został poinformowany przez swą żonę, Czabi, o ruchach wojsk brata, Ariq Böke, więc wrócił na mongolskie równiny. Dowiedział się także, że brat zwołał w Karakorum kurułtaj, który wybrał go wielkim chanem. Miał wsparcie większości potomków Czyngis-chana, podczas gdy Kubilaja popierał inny brat, władca Ilchanatu, Hulagu. Chińskie otoczenie Kubilaja i zwierzchni książęta w Mandżurii i północnych Chinach popierali pretensje Kubilaja do tronu. Za kandydaturą Kubilaja optowało niewielu członków klanu Borgdżiginów, jedynie potomkowie Dżocziego. Kubilaja proklamowano wielkim chanem na kurułtaju 15 kwietnia 1260 roku.