Powiązany z aferą „Żelazo” i zabójstwem księdza Jerzego Popiełuszki. W 2004 prof. Andrzej Paczkowski ujawnił dokument ze swego prywatnego archiwum, który obłożony był zastrzeżeniem, że może zostać ujawniony dopiero w 2010. Dokument będący notatką z narady, która odbyła się przed południem 25 października 1984 w Urzędzie Rady Ministrów, został spisany przez Wiesława Górnickiego, doradcę premiera. Uczestniczyli w niej premier gen. Wojciech Jaruzelski, szef URM gen. Michał Janiszewski oraz płk Bogusław Kołodziejczak.
Morderca księdza, Grzegorz Piotrowski, zeznał, że miał poparcie w aparacie władzy, a konkretnie sekretarza KC PZPR, gen. Mirosława Milewskiego:
Politycznym inspiratorem porwania – niezależnie od indywidualnego fanatyzmu sprawcy – mógł być wyłącznie towarzysz Mirosław Milewski [...] Towarzysz premier, podzielając dezaprobatę zebranych dla działalności tow. Milewskiego i nie podając w wątpliwość politycznej, a może i osobistej odpowiedzialności za uprowadzenie, a być może i za morderstwo na osobie ks. Popiełuszki, sprzeciwił się jednocześnie podejmowaniu decyzji personalnych na XVII Plenum KC PZPR, które miało się wkrótce rozpocząć.
W 1985 został usunięty ze wszystkich stanowisk w partii i państwie, a następnie przeniesiony na emeryturę.