Mimo że armia Humajuna była dwukrotnie liczniejsza, nie zdołała stawić czoła dobrze dowodzonym oddziałom Szer Szaha. W ręce zwycięzcy wpadło nie tylko Delhi, ale i cały Pendżab. Humajun musiał udać się na wygnanie.
Szer Szah zreorganizował administrację i gospodarkę imperium, jednak po jego śmierci w 1545 roku jego państwu zabrakło silnej ręki. Wykorzystał to Humajun, który przy pomocy perskiej wrócił do Indii, pokonał następców Szer Szaha i w 1555 odzyskał Delhi. Zmarł rok później, a jego następcą został wychowany na wygnaniu, zaledwie 13-letni syn Dżalal ad-Din Muhammad, który przeszedł do historii pod przydomkiem Akbar, tzn. "Wielki".
U szczytu potęgi Śmierć Humajuna o mało nie doprowadziła znów do upadku władzy Mogołów, gdy jego syn musiał uciekać z Delhi. Wkrótce jednak odzyskał stolicę, a jego panowanie rozpoczęło najświetniejszy okres w historii imperium. Kolejnych czterech władców mogolskich rozszerzyło panowanie dynastii najpierw nad północnymi, a później również południowymi Indiami, a także nad ziemiami na zachód od Indii – w walkach z Afganami i Safawidami.