Akbar thumb|Akbar, uważany za najwybitniejszego władcę dynastii Długie panowanie Akbara (1556–1605), wnuka Babura przyniosło stabilizację władzy mogolskiej. Władca kontynuował reformy zapoczątkowane przez Szer Szaha: zreorganizował administrację i system oświaty, wprowadził nowy pieniądz, stałe podatki i nadzór nad urzędnikami, by zapobiec korupcji. Akbar odnosił się z tolerancją do niemuzułmańskiej ludności Indii, co nie podobało się ortodoksyjnym muzułmanom. Zniósł podatek dżizja nakładany na innowierców, a z czasem wprowadził pełną tolerancję religijną. Sam zaczął stopniowo wprowadzać na dworze nową, synkretyczną religię din-i-Ilahi, która łączyła cechy islamu, hinduizmu i elementy innych wierzeń, a która była bardziej systemem filozoficznym i postawą, niż wiarą w konkretnie wyobrażonego boga. Nowa religia nie zyskała jednak popularności poza najbliższym kręgiem władcy. Drogą sojuszy, mieszanych małżeństw i podbojów podporządkował sobie wojownicze księstwa hinduskich Radźputów. Wzmocniło to armię mogolską, która musiała toczyć wojny z wieloma indyjskimi władcami i buntowniczymi możnowładcami.