Niezadowoleni byli członkowie Kościoła z Far West w roku 1838 złożyli pozwy do sądów przeciw przywódcom Kościoła, by odzyskać środki finansowe. 8 lipca 1838 Joseph Smith otrzymał objawienie, po którym nakazał wiernym płacenie dziesięciny od dochodów. By chronić przywódców Kościoła przed dysydentami, zorganizowała się tajna grupa mormonów zwanych „danitami”, która dyscyplinowała wrogów wewnętrznych oraz łupiła mieszkańców Missouri. Dodatkowo 24 października 1838 roku doszło do bitwy nad Crooked River pomiędzy oddziałami złożonymi z członków Kościoła a oddziałami milicji stanu Missouri, w wyniku której zmarło kilka osób po obu stronach. Zdarzenia te spowodowały, że Joseph Smith i inni przywódcy Kościoła zostali oskarżeni o zdradę stanu Missouri i osadzeni na całą zimę 1838/1839 w więzieniu w Liberty. Społeczność wiernych została wypędzona ze stanu Missouri i przeniosła się do Nauvoo w stanie Illinois.
W lutym 1841 Joseph Smith powołał Nauvoo Legion, oddział militarny złożony z 2500 osób, którego został naczelnym dowódcą w stopniu generała-lejtnanta. Był również burmistrzem miasta Nauvoo wybranym przez zdominowaną przez mormonów radę miasta. Stał się w ten sposób nie tylko przywódcą duchowym ale też i politycznym.