W latach 1934–1939 po studiach, trwających od kilku miesięcy do 3 lat wyświęcono 37 kapłanów: bp Władysław Faron udzielił święceń dziewiętnastu diakonom, bp Leon Grochowski sześciu, bp Jakub Jasiński pięciu, bp Józef Padewski sześciu, a bp Franciszek Hodur jednemu. Ponadto w okresie okupacji hitlerowskiej bp Józef Padewski wyświęcił warunkowo sześciu kapłanów.
Po zakończeniu II wojny światowej Tymczasowa Rada Kościoła podjęła decyzję o reaktywowaniu Seminarium Duchownego z siedzibą w Szczecinie, gdzie zgłosiło dwóch kandydatów. Dnia 20 lutego 1946 do kraju powrócił biskup Józef Padewski, który w latach 1947–1948 wyświęcił 4 kapłanów. Pod koniec 1947 Seminarium przeniesiono do Krakowa do budynku przy ul. Czarnej 2, gdzie funkcjonowało przed wojną. Wykładowcami od 1951 byli: ks. Adam Jurgielewicz, ks. Fryderyk Lachmayr, ks. Walerian Kierzkowski, ks. Michał Samborski, ks. Szczepan Włodarski oraz świeccy nauczyciele. Zdecydowano, że rektorem uczelni będzie biskup-ordynariusz z urzędu. 1 października 1954 przeprowadzono reformę placówki i na nowych zasadach przyjęto 11 kandydatów. Dnia 16 marca 1952 siedzibę Seminarium Duchownego przeniesiono z Krakowa do Warszawy do budynku przy ul. Szwoleżerów 4.