Problemy finansowe i lokalowe doprowadziły do rozwiązania seminarium w 1954.
Lata 1960–2012 Kiedy w 1959 zwierzchnictwo w Kościele Polskokatolickim objął ks. bp prof. dr Maksymilian Rode, postanowił on reaktywować Seminarium Duchowne. 23 stycznia 1960 aktem erekcyjnym wskrzeszono Wyższe Seminarium Duchowne przy ul. Szwoleżerów 4. Spod ręki bpa prof. dra Maksymiliana Rodego wychodzili kapłani dobrze uformowani, wykształceni i przygotowani do pracy duszpasterskiej w parafiach. Odsunięcie od władzy nad Kościołem Polskokatolicki biskupa Maksymiliana Rode spowodowało zahamowanie rozwoju i regres działalności Seminarium Duchownego, które potem nie działało na taką skalę i w tak rozbudowanej strukturze.
Biskup Julian Pękala zarządzał Kościołem 1965–1976. W tym czasie Seminarium prawie nie istniało. Wyświęcił jednak kilku kapłanów spośród zgłaszających się byłych kleryków rzymskokatolickich, po kilku miesiącach studiów teologicznych, jakie zdobywali w seminariach rzymskokatolickich. Dnia 16 lipca 1966 ks. Tadeusz Ryszard Majewski otrzymał sakrę biskupią i objął zarządzanie diecezją warszawską, a w 1976 został przez Synod Kościoła powołany na urząd zwierzchnika Kościoła Polskokatolickiego, który sprawował do 1995. W okresie rządów biskupów Juliana Pękali i Tadeusza Majewskiego Seminarium Duchowne działało szczątkowo przy ul.