Szwoleżerów 4 w Warszawie, a alumni – studenci ChAT zmieniali swoje zamieszkanie, wędrując z ul. Szwoleżerów 4 na Wilczą 31, ul. Modlińską 205A i znowu na ul. Wilczą 31.
Pod koniec grudnia 1996 zwierzchnictwo nad Kościołem Polskokatolickim przejął biskup prof. dr hab. Wiktor Wysoczański. Za staraniem nowego zwierzchnika Wyższe Seminarium Duchowne Kościoła uzyskało od Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego status uczelni wyższej z prawem nadawania licencjatu. Po tej decyzji biskup Wiktor Wysoczański ustanowił zespół profesorów z grona duchownych do prowadzenia pracy metodycznej w placówce. Biskup Wysoczański dbał o to, aby kandydaci do kapłaństwa mieli nie tylko właściwą formację, ale i dobre przygotowanie teologiczne. Stał bowiem na stanowisku, że nie należy udzielać święceń kapłańskim tym, którzy nie odbędą regularnych pięcioletnich studiów w ChAT i WSD oraz nie zdobędą przynajmniej absolutorium ukończenia studiów wyższych. Biskup Wysoczański w latach 1997–2009 udzielił święceń kapłańskich ponad 10 alumnom Seminarium. Rok akademicki 2008/2009 rozpoczęło 3 alumnów, którzy równolegle studiowali w Sekcji Starokatolickiej Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej, w roku akademickim 2012/2013 na uczelni studiował jeden kleryk.