Historia rasy Rejon pochodzenia łajki karelo-fińskiej to północno-zachodnie obszary Rosji, graniczące z Finlandią. Rasa ta ma wspólne pochodzenie ze szpicem fińskim, do którego jest bliźniaczo podobna. Psy w takim typie występowały od dawna w tej części Europy i były chętnie wykorzystywane przez myśliwych. Wyodrębnienie rasy i usystematyzowanie hodowli nastąpiło dopiero w latach 40. XX wieku, kiedy to radzieckie władze zaczęły kłaść nacisk na zachowanie narodowych ras psów myśliwskich. Powstały wówczas pierwsze ośrodki hodowlane w Petrozawodzku i Mjedwjeżjegorsku. Hodowlę pomagali rozwijać miejscowi myśliwi i entuzjaści. Podczas II wojny światowej wiele z tych psów zginęło i w 1951 roku ich liczebność spadła do zaledwie 24. W latach 50. XX wieku rosyjscy kynolodzy wprowadzili do hodowli importowane szpice fińskie: dwa psy, Bodryj i Sokół, oraz jedną sukę o imieniu Pika. Pozyskiwano też kolejne psy w tym typie występujące w południowej Karelii i innych rejonach. Wzorzec rasy został przyjęty w 1959 roku przez Zarząd Rezerwatów i Łowiectwa Ministerstwa Rolnictwa ZSRR. Późniejsze próby rejestracji rasy w FCI spotkały się jednak z odmową ze względu na bardzo wysokie podobieństwo do już wcześniej zarejestrowanego szpica fińskiego.