Zdecydowanie górowały nad nimi niezależne klasztory, a zwłaszcza Daitoku i Myōshin, gdzie zajmowano się głównie praktyką zen.
Myōshin-ji stanął na czele ruchu zmierzającego do uzdrowienia sytuacji w szkole rinzai i przeprowadzenia reform. Jednak ruch podzielił się na dwie frakcje: jedna frakcja uważała, że należy niezwykle dokładnie interpretować reguły życia klasztornego, a druga, iż duch jest ważniejszy od prawa. Na czele tej ostatniej frakcji stał Gudō Tōshoku (1577–1661) i on odniósł zwycięstwo.
Na czele frakcji przegranej stali Isshi Monju (1608–1646) i Ungo Kiyō (1582–1659) oraz Ryōkei Shōsen (1602–1670), Tokuō Myōkō (1611–1681) i Jikuin Somon (1611–1677). Wszyscy oni odegrali główną rolę w sprowadzeniu mistrza chan Yinyuana do KiotoSprowadzenie Yinyuana z Nagasaki do Kioto wymagało wielu zabiegów na najwyższych szczeblach władzy, gdyż Chińczykom nie wolno było opuszczać tego miasta. i w wybudowaniu Ōbaku-san Mampuku-ji, pierwszego głównego klasztoru nowej szkoły ōbaku.
Skoro Japończykom z powodu zamieszania w Chinach trudno było się tam dostać, w związku z tym upatrywali oni szansę na rewitalizację szkoły rinzai przez zaproszenie chińskich mistrzów chan.