Upadek hipotezy Hipoteza ortogenezy zaczęła się załamywać, kiedy stało się jasne, że nie jest ona w stanie wyjaśnić przebiegu zmian obserwowanych w skamielinach. Rozwój form żywych nie był liniowy. Powstawało wiele licznii bocznych, z których większość wymarła, a do naszych czasów dotrwały organizmy różniące się znacznie pod względem swojej historii. Hipoteza ortogenezy nie potwierdziła się, bo nie odszukano naukowych podstaw mechanizmu mającego zapewnić pęd ku rozwojowi. Naturalna selekcja proponowana w teorii ewolucji Darwina tłumaczyła procesy adaptacyjne znacznie lepiej, bez odwoływania się do domniemanych bytów i sił. W tym ujęciu ortogeneza nie spełniała zasady brzytwy Ockhama, bo prowadziła do tworzenia bytów ponad potrzebę. Kiedy na początku XX wieku odkryto mechanizmy genetyki i stworzona została syntetyczna teoria ewolucji, oczywiste stało się, że ortogeneza uległa falsyfikacji. Stało się wyraźne, że żaden proces biologiczny nie dąży do długofalowego celu. Ewolucja działa zawsze "krótkowzrocznie".