Według Behego układ niererdukowalnie złożony to: System złożony z przynajmniej kilku oddziałujących ze sobą części, które to części mają wkład w podstawową funkcję tego systemu, i gdzie usunięcie którejkolwiek z tych części spowoduje, że system przestanie spełniać swoją funkcję. Zdaniem Behego całość różnorodności biologicznej nie mogła powstać poprzez „przesiewający przypadkowe mutacje gradualistyczny proces doboru naturalnego” i wymagała inteligentnej interwencji, co jest zgodne z koncepcją inteligentnego projektu.
Zgodnie z rozumowaniem Behego nowoczesna biochemia odkryła „niespodziewaną złożoność leżącą u podstaw życia”, a komórka zawiera wiele nieredukowalnie złożonych systemów. Behe podał jako przykłady reakcje metaboliczne w organellach E. coli, wić bakteryjną, kaskadę białek powodujących krzepnięcie krwi oraz system immunologiczny.