Przykład pułapki na myszy thumb|250px|Pułapka na myszy według Behe nie może powstać w procesie powolnych przemian. Brak jakiejkolwiek części spowoduje, że pułapka nie złapie małego gryzonia Jako ilustrację systemu nieredukowalnie złożonego podaje Behe pułapkę na myszy. Składa się ona z kilku części: podstawki, kowadełka, sprężyny, drążka i języczka. Brak jakiegokolwiek elementu powoduje utratę funkcjonalności i bezużyteczność pułapki. Taki system według niego nie może powstać na drodze stopniowych kroków, bo zgodnie z jego zdaniem każdy ewentualny system pośredni nie spełniałby swojej funkcji łapania myszy. Zdaniem Behego nie można też stwierdzić, że każdy element pełnił inną funkcję, a po złożeniu wszystkich części powstała pułapka, gdyż wymagałoby to wzajemnego dopasowania elementów, tak by mogły ze sobą współdziałać.
Odpowiedź na krytykę W roku 2001 sam Behe przyznał, że jego pomysł ma pewne wady i nie do końca poprawnie odnosi się do niektórych zjawisk związanych z doborem naturalnymBehe, M.J., Reply to My Critics: A Response to Reviews of Darwin's Black Box: The Biochemical Challenge to Evolution, Biology and Philosophy, Volume 16, Number 5, listopad 2001, pp. 683-707(25), Springer (streszczenie).