Łuk rzymski zaczyna bowiem pełnić swoją rolę dopiero po zakończeniu budowy, zaś system nieredukowalnie złożony jeszcze przed usunięciem nadmiarowych składników musi już posiadać rdzeń, który jest konieczny do spełniania jego podstawowej funkcji.
Krytyka Dowody biologiczne Hipoteza Behego została przez wielu ewolucjonistów uznana za błędną, ponieważ ich zdaniem nie jest spełniona jej przesłanka – istnieją udokumentowane przykłady powstania złożonych systemów w procesie ewolucji. Jeszcze zanim Behe opublikował swój argument, znany był ewolucyjny scenariusz powstania kaskady proteolitycznej w procesie krzepnięcia krwi w wyniku duplikacji genów. Pomimo tego Behe podaje ją jako jeden z przykładów nieredukowalnej złożoności.
Duplikacja jest rodzajem mutacji, gdzie przykładowy gen ulega podwojeniu, w ten sposób organizm ma dwie funkcjonalne kopie. Jedna z nich zostaje uwolniona od presji doboru na zachowanie funkcji i może przekształcić się w gen o innej funkcji. Duplikację jako mechanizm powstawania nowych genów zaproponował Susumu Ohno w 1970 r. Rolę duplikacji w ewolucji systemów nieredukowalnych można przyrównać do roli rusztowania w budowie łuku romańskiego. Usunięcie jakiejkolwiek cegły z łuku powoduje jego załamanie się.