Jednak według niego ewolucyjne wyjaśnienia nieredukowalnej złożoności są niewystarczające. Koncepcja duplikacji genu może w jego opinii co najwyżej wyjaśnić pochodzenie białek należących do nieredukowalnie złożonego systemu, ale nie tłumaczy mechanizmu powstania takiego systemu: Duplikacja genu nie jest wyjaśnieniem darwinowskim, gdyż wskazuje jedynie na wspólne pochodzenie, nie zaś na mechanizm ewolucjiMichael J. BEHE, „In Defense of Irreducible Complexity of the Blood Clotting Cascade: Response to Russell Doolittle, Ken Miller and Keith Robison”, Discovery Institute. Zaś samoistna samoorganizacja pewnych systemów chemicznych (np. reakcja Biełousowa-Żabotyńskiego) według Behego nie spełnia jego kryterium nieredukowalnej złożoności, gdyż składniki tego układu – choć liczne – nie są do siebie precyzyjnie dopasowane jak w systemach biochemicznych, zatem nie mogą stanowić wyjaśnienia dla ich genezy.
Według zwolenników nieredukowalnej złożoności niepoprawna jest także analogia z łukiem rzymskim, według której nieredukowalny układ mógł powstać stopniowo przy pomocy rusztowania.