Późniejsze zmiany Melanchtona Melanchton przez całe życie uważał Wyznanie augsburskie za swoje własne dzieło i już krótko po jego ogłoszeniu zaczął dokonywać modyfikacji jego treści. Najbardziej znaną ze zmienionych wersji jest wydana w 1540 roku tzw. Confessio Augustana variata (Zmienione Wyznanie augsburskie). Wydanie to nie stwierdzało już realnej obecności Chrystusa w chlebie i winie podczas Wieczerzy Pańskiej ani nie odrzucało inaczej nauczających, co zbliżało jej naukę do kalwinizmu. Kolejne zmiany wprowadzono w 1542 roku. Nie wszyscy akceptowali to, np. elektor saski Jan Fryderyk Wspaniałomyślny uważał, że Wyznanie wyraża poglądy jego sygnatariuszy, a nie tylko autora. Jednak protest zaczął narastać dopiero po śmierci Lutra w 1546 roku, kiedy luteranie podzieli się na zwolenników „czystej” nauki luterańskiej (tzw. gnezjoluteranów) i bardziej ugodowych zwolenników Melanchtona zwanych filipistami. Ostatecznie w Księdze zgody znalazła się niezmieniona wersja Wyznania augsburskiego. Zmienione Wyznanie augsburskie przyjęły w późniejszym okresie Kościoły ewangelicko-unijneF. Bente, Historical Introductions..., s.