Uległ jedynie Robertowi Herasowi, mającemu już na koncie zwycięstwo w hiszpańskim wyścigu oraz Isidro Nozalowi. Po Vuelcie pojechał do Hamilton w Kanadzie, aby reprezentować Hiszpanię na Mistrzostwach Świata. Wyścig wygrał Igor Astarloa po samotnej akcji przyjeżdżając pięć sekund przed Valverde, który drugie miejsce wywalczył pokonując na finiszu Petera Van Petegema i Paolo Bettiniego.
2004 Ostatni rok spędzony w Kelme przyniósł Alejandro 13 zwycięstw na hiszpańskich szosach. Ponownie zaczął od dobrych występów w jednodniówkach na Półwyspie Iberyjskim. Z dobrej strony pokazał się w Kraju Basków, gdzie zajął 6. miejsce i wygrał pierwszy etap. Jego łupem padły kolejno Klasika Primavera i Vuelta a Burgos (3 wygrane etapy). Na początku sierpnia reprezentował Hiszpanię na igrzyskach olimpijskich w Atenach, gdzie zajął 47. miejsce. We wrześniu po raz drugi pojechał na Vueltę i tym razem zajął 4. miejsce, wygrywając przy okazji jeden etap. Na rozgrywanych pod koniec sezonu mistrzostwach świata w Weronie pomógł Oscarowi Freire w zdobyciu jego drugiego złotego medalu, sam zaś zajął szóstą lokatę.