Na początku lat 90. XX w. opracowano plan restrukturyzacji PLO, w wyniku które powstały: Euroafrica sp. z o.o. (1991 - 2007 r.) Pol-Levant LŻ sp. z o.o. (1993 -) Pol-America S.A. (1993 - 2000 r.) Pol-Supply sp. z o.o. (1994-2003 r.) Pol-Atlantic sp. z o.o. (1995 - 1999 r.) Pol-Asia sp. z o.o. (1996 - 2000 r.) Polcontainer sp. z o.o. (1992-1999 r.)
Na początku 1999 r. Grupa PLO składała się z 12 spółek, w tym 5 żeglugowych. W 1999 r. PLO zostały przekształcone w jednoosobową spółkę akcyjną skarbu państwa. W 2005 r. w ramach Grupy PLO działalnością eksploatacyjną statków zajmowała się spółka Pol-Levant LŻ (6 statków, w tym 4 typu ro-ro). W 2002 r. powstała nowa firma armatorska Pol-Euro LŻ z 4 statkami.
Akyualnie PLO S.A. eksploatuje dwa statki typu ro-ro (stan na 28.07.2026): Francesco Nullo (od 2020) i POL STELLA (od 2021) i prowadzi zarząd techniczny oraz eksploatacyjny nad kontenerowcem M/v Port Gdynia.